Отличие заключается в первую очередь в технической поддержке. То есть покупая платный, а иногда даже и свободно распространяемый Linux мы получаем техническую поддержку.
В состав платных дистрибутивов могут так же входить и другие программы с закрытым кодом. Что непосредственно должно быть уточнено производителем. Например один из украинских дистрибутивов MyLinux не распространяется бесплатно, о чем я уже писал здесь: MyLinux зовсім не "My", так как содержит что-то.

А лично мы распространяем только бесплатные свободно распространяемые дистрибутивы.

Зарабатывают компании непосредственно на поддержке и продаже своих продуктов.
Сама разработка отрытого ПО финансируется как на правительственном уровне многих стран, так и компаниями IT сферы...